La Sección de Educación Secundaria de Pradejón fue creada por Orden de 1 de Marzo de 1996 (BOE de 13 de Marzo), con el objetivo de dar respuesta a las necesidades de escolarización en esta localidad y garantizar las condiciones educativas más adecuadas. Está adscrita al I.E.S. “Marco Fabio Quintiliano" de Calahorra. Su funcionamiento se inició el curso 1996-97.
Inicialmente, Los alumnos del primer Ciclo de E.S.O. se instalaron en el edificio de la calle Vadillos, anexo al C.P. “José Ortega Valderrama" de Pradejón, que se dedicaba a 7º y 8º de E.G.B.
Desde su comienzo se vio la necesidad de una ampliación del edificio, ya que carecía de aulas de Tecnología, de música, de Plástica y de usos múltiples; necesarias para desarrollar el currículo del primer ciclo de la E.S.O.
Tras diversas solicitudes y entrevistas con La Dirección Provincial de Educación, el edificio municipal, fue ampliado el año 1999.
Actualmente consta de cuatro aulas de uso general y de aulas específicas para Música, Tecnología, Audiovisuales, Biblioteca e Informática. Además dispone de una tutoría, sala de profesores, despacho de Jefatura de Estudios, servicios de alumnos, alumnas y profesores y dos almacenes.
